新三板协议转让是指在中国的股权交易市场中，公司股东通过签署协议将其股权转让给其他投资者的一种交易方式。新三板是指中国证券登记结算有限责任公司（以下简称“中国结算”）管理的全国中小企业股份转让系统，是为中小企业提供融资和股权交易平台的市场。

在新三板协议转让中，卖方和买方通过协商确定股权转让的价格、数量和其他交易条件。协议转让的方式相对于竞价转让更为灵活，双方可以自由协商交易条件，包括价格、付款方式、转让时间等。卖方和买方在协议转让中签署股权转让协议，在协议生效前，可以进行尽职调查、商务洽谈等程序。

协议转让的交易并不像公开市场交易那样公开透明，交易信息不对外公开，不会对市场产生冲击。双方通过私下协商，可以更灵活地确定交易条件，满足双方的需求。此外，协议转让交易一般更快速、更便捷，不需要经过交易所挂牌和撮合的程序。

然而，需要注意的是，新三板协议转让市场相对于公开市场交易风险较高，交易双方需要自行承担风险，包括信息不对称、流动性风险等。同时，协议转让的交易受到监管限制，例如，买方需要符合中国结算的准入条件，卖方需要满足中国证监会的相关规定。

总的来说，新三板协议转让是一种通过签署股权转让协议来实现股权转让的交易方式，相对于公开市场交易更为灵活、快速，但也存在一定的风险和限制。